2022年4月3日早晨，教宗私下會晤馬耳他的耶穌會會士們後，隨即乘車前往拉巴特（Rabat）聖保祿岩洞朝聖祈禱。教宗在拉巴特的聖保祿大殿廣場停留了幾分鐘，在衆人的熱情陪同下進入聖保祿岩洞。

教宗先是在小岩洞内祈禱片刻，然後緩慢走到聖保祿態像前點燃一支祈願蠟燭，這支蠟燭的燭臺是教宗此次朝聖獻給聖保祿岩洞的禮物，燭臺上刻有教宗的牧徽，在底部基座刻有拉丁文“PAX”，意即「和平」。教宗再次靜默片刻之後，向天主獻上一個祈禱文。

在祈禱結束之後，教宗在留言簿上寫道：「在這個紀念外邦人的使徒和這個民族的信仰之父聖保祿的神聖之地，我感謝上主，並祈禱祂永遠賜予馬耳他人民慰藉人心的聖神和宣講的熱忱。」留言之後，教宗獲贈了一幅由陶土創造的聖保祿浮雕像聖像，並戴上一個白色無邊圓帽，在帽上簽名，以紀念他的朝聖祈禱訪問。

接著，教宗步入聖保祿大殿内，與這裡迎候他的14位宗教領袖會面。隨後，教宗在大殿祭台前，親自邀請在場衆人與他一起誦念祈禱文：「啊，天主！祢慈悲無限，祢良善的寶藏無盡：願祢寬仁地加增奉獻於祢的子民的信德，好使所有人能以智慧領悟創造他們的愛、救贖他們的寳血和使他們重生的聖神。」

教宗在離開大殿前，接見了堂區的一些病患、無家可歸者以及大約30名吸毒成癮者，並與他們交談。